在水产种质资源保护区内出现未批先建工程，一般由县级以上人民政府渔业行政主管部门进行处罚。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国渔业法》的相关规定，未经批准在水产种质资源保护区内从事工程建设活动的，属于违法行为。该法明确规定了渔业行政主管部门的职责，包括对这类违法行为的查处和处罚。

2. 处罚主体：

   • 县级以上人民政府渔业行政主管部门是负责渔业资源保护和管理的主要机构，它们有权对在水产种质资源保护区内未批先建的工程进行查处，并依法给予相应的行政处罚。

3. 处罚措施：

   • 具体的处罚措施可能包括责令停止违法行为、限期拆除违法建筑、恢复原状、罚款等。这些措施旨在保护水产种质资源，维护生态平衡，防止因工程建设活动对渔业资源造成破坏。

4. 特殊情况：

   • 如果未批先建的工程涉及其他相关部门的管理职责，如环保、水利等，那么这些部门也可能根据各自的法律法规参与处罚或联合执法。但在此类情况下，渔业行政主管部门通常仍是主要的处罚主体，负责协调其他部门共同处理。

5. 法律建议：

   • 对于在水产种质资源保护区内进行工程建设的单位或个人，应事先了解并遵守相关法律法规，确保获得必要的批准和许可。
   • 如果已经发生了未批先建的情况，应尽快与渔业行政主管部门联系，主动说明情况，并积极配合调查和处理工作，以减轻可能的法律后果。

行动建议：如果您或您身边的人遇到了在水产种质资源保护区内未批先建工程的问题，建议立即停止违法行为，并尽快咨询专业律师（即我，王伟律师，专注于合同纠纷、建设工程、知识产权、公司事务、刑事辩护、涉外纠纷领域）以获取更具体的法律建议和帮助。同时，也可以主动与当地渔业行政主管部门联系，了解相关情况和处理流程。