非法侵占水产种质资源保护区的，将面临行政处罚；若构成犯罪的，还需承担刑事责任。具体处理方式如下：

1. 行政处罚：

   • 依据：根据《中华人民共和国渔业法》等相关法律法规，非法侵占水产种质资源保护区，破坏其生态环境或渔业资源的，将受到渔业行政主管部门的处罚。
   • 处罚措施：可能包括责令停止违法行为、限期恢复原状、没收违法所得、罚款等。罚款的数额会根据违法行为的严重程度、造成的损失大小等因素来确定。

2. 刑事责任：

   • 构成犯罪的情形：如果非法侵占行为情节严重，如造成重大环境污染、生态破坏或渔业资源严重损失，可能构成犯罪，如非法捕捞水产品罪、破坏环境资源保护罪等。
   • 刑事处罚：一旦构成犯罪，将依法追究刑事责任，可能面临有期徒刑、拘役、罚金等刑罚。

3. 民事赔偿：

   • 赔偿依据：如果非法侵占行为给水产种质资源保护区的管理者或相关利益方造成了经济损失，侵权者还需承担民事赔偿责任。
   • 赔偿范围：包括直接经济损失（如渔业资源损失、生态环境修复费用等）和间接经济损失（如因生态环境破坏导致的旅游收入减少等）。

建议：

• 遵守法律法规：任何单位和个人都应严格遵守相关法律法规，不得非法侵占水产种质资源保护区。
• 积极配合调查：如果因特殊情况需要进入保护区进行科研、教学等活动，应提前向相关部门申请并获得许可，并积极配合管理部门的调查和监管。
• 及时咨询：如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供详细的法律意见。