针对您提出的“水利工程未批先建如何处理”的问题，这是一个涉及法律法规的严肃话题，必须严格按照相关法律程序来处理。以下是我为您详细梳理的处理流程和相关法律依据：

一、明确违法行为与立即停止施工

水利工程未批先建是明确的违法行为，这违反了《中华人民共和国建筑法》、《建设工程质量管理条例》以及地方性的建设工程管理法规。一旦发现此类行为，相关建设行政主管部门会立即下达责令停止施工的通知，要求建设单位和施工单位立即停止违法建设活动，以防止违法行为继续扩大和造成更严重的后果。

二、补办审批手续

在停止施工后，建设单位需要按照法定程序和要求，限期补办建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、施工许可证等审批文件。这是确保项目合法性的关键步骤。如果项目符合土地利用总体规划和城乡建设规划，且没有其他违法行为，那么在补办完相关手续后，项目可以继续建设。

三、接受罚款处罚

对于未批先建的行为，建设单位和施工单位都将面临罚款处罚。建设单位的罚款通常按照工程合同价款的一定比例（如1%至2%）来计算，而施工单位则可能面临最高3万元的罚款。这些罚款旨在惩罚违法行为，并促使建设单位和施工单位更加重视项目审批的合法性。

四、对不同主体的具体处理措施

1. 对建设单位：

   • 除了责令停止施工和补办手续外，建设单位还需承担罚款责任。
   • 如果项目无法通过补办手续合法化，或者存在其他严重违法行为，那么项目可能面临部分或全部拆除的处理，并需要恢复原状。

2. 对施工单位：

   • 如果施工单位明知项目未批先建仍参与施工，那么将受到责令停止施工、罚款以及可能的资质降级或吊销处理。
   • 如果施工单位不知建设项目未批先建，那么在收到通知后应积极配合停工，并可以向建设单位主张因停工造成的合理损失。

3. 对工程项目本身：

   • 如果项目符合规划等要求，那么在补办完相关手续后可以继续建设。
   • 如果项目不符合规划，或者存在其他严重问题，那么可能面临拆除及恢复原状的处理。

五、后续要求与合规建议

在接受处罚并停止违法行为后，建设单位需要重新进行环境影响评价，并提交相关文件进行报批。这是确保项目符合环保要求的重要步骤。同时，建设单位和施工单位应严格遵守相关法律法规，加强内部合规管理，确保所有建设项目均依法依规进行。

综上所述，水利工程未批先建是严重的违法行为，必须立即停止施工，并依据相关法律法规补办手续、接受罚款处罚。如果项目严重违反规划或存在其他严重违法行为，还可能面临拆除及恢复原状的严厉处理。因此，我强烈建议建设单位和施工单位务必高度重视项目审批的合法性，确保所有建设活动均在法律法规的框架内进行。