针对“设施农用地未批先建”的处理方式，我为您整理了以下详细解答：
首先，根据自然资源部的明确规定，对于违法用地行为，包括未批先用、少批多占、擅自改变用途等，必须依法进行查处。查处程序包括立案、调查、下发《行政处罚决定书》、责任追究等，其中罚款是必要的，但并非唯一措施。根据违法情节，还可能采取拆除违法建筑、没收违法所得、恢复土地原状等措施。若涉及耕地破坏或生态红线，可能直接禁止补办建设用地手续。
具体处理步骤如下：
立案调查与行政处罚：
- 自然资源主管部门会对违法地块进行立案，明确违法主体、面积、用途及违法性质。
- 下发《行政处罚决定书》，其中可能包括责令退还土地、限期拆除/没收、罚款等处罚措施。罚款标准通常按《土地管理法》规定执行，具体金额根据违法占用土地的类型和面积确定。
- 对单位负责人或直接责任人进行责任追究，可能移交纪检监察机关或司法机关处理。
执行处罚与整改：
- 违法主体需按处罚决定书的要求进行整改，如拆除违法建筑、恢复土地原状、缴纳罚款等。
- 整改完成后，由自然资源部门现场验收，确认土地恢复或没收处置到位，并在相关系统中销号，解除违法状态。
补办建设用地审批：
- 若违法地块已纳入国土空间规划确定的建设用地范围，且符合其他相关条件（如落实耕地占补平衡、缴纳土地出让金及相关税费等），则可申请补办建设用地审批手续。
此外，还有一些特殊情况的处理方式：
- 对于符合规划但未批先用的项目，若属民生、基础设施等公益性质，可没收建筑物后补办手续；若属商业开发，则需从严审核，可能要求重新招拍挂。
- 对于历史遗留违法用地，可按“分类处置”政策处理，但仍需履行处罚程序。
若未履行查处程序而擅自补办手续，可能导致补办审批无效，甚至面临二次处罚和法律责任。因此，建议违法主体主动配合查处工作，确保违法地块符合国土空间规划，并准备完整的补办材料。
最后，需要注意的是，不同地区的具体政策可能有所差异。因此，在处理设施农用地未批先建问题时，还需参考当地的相关法规和政策文件。