针对您提出的“病假三个月过后，不能上班公司自离”的问题，以下是我的详细解答：

1. 病假与自动离职的关系：

   • 一般情况下，员工请病假期间，用人单位不会单纯因病假时长就认定员工自动离职。病假是员工因患病或非因工负伤需要停止工作治病休息的合法权利，用人单位在此期间不得随意解除劳动合同。

2. 医疗期的概念与规定：

   • 医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作治病休息，用人单位不得解除劳动合同的时限。医疗期的具体时长会根据员工的工作年限等因素来确定。
   • 在医疗期内，员工享有病假工资和医疗保障等权益，用人单位不得随意解除劳动合同。

3. 病假三个月后不能上班的处理方式：

   • 如果员工在病假三个月后仍不能上班，且超过了医疗期，用人单位可以依法解除劳动合同，但需要提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资，并支付经济补偿金。
   • 经济补偿金的标准按员工在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。

4. 特殊情况的处理：

   • 如果员工在请病假时没有按照单位规定的流程履行请假手续，或者超过了医疗期既无法胜任原来的工作，也不能从事单位另行安排的工作，用人单位可以依法解除劳动合同。但这种情况下，用人单位仍需支付经济补偿金。
   • 如果员工希望继续休假，可以向单位提供医院诊断和休假证明，协商延长病假。若单位不批准，员工可以考虑申请劳动能力鉴定，根据鉴定结果来决定后续的处理方式。

5. 法律建议：

   • 对于您目前的情况，我建议您首先与单位沟通，了解单位的具体规章制度和医疗期规定，以及单位对您病假三个月后不能上班的处理意见。
   • 如果您认为单位的处理方式不符合法律规定，您可以向当地劳动人事争议仲裁委申请仲裁，维护自己的合法权益。
   • 在处理此类问题时，建议您保留好相关证据，如医院诊断证明、请假手续、工资单等，以便在需要时提供证明。

总之，病假三个月后不能上班并不意味着自动离职，关键在于请假程序是否合规、医疗期是否已满以及后续与单位在工作安排方面的沟通和处理情况。如果您有任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。