经双方协商，工资由债券支付在特定条件下是合法的，但需注意相关法律风险和操作细节。以下是对该问题的详细分析：

1. 法律允许性分析：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。然而，法律并未明确禁止以其他形式（如债券）支付工资，只要这种支付方式不违反法律法规的强制性规定，且双方协商一致。
   • 在实践中，如果双方通过协商达成一致，且该支付方式不损害劳动者的合法权益（如确保劳动者能够及时、足额地获得相当于货币价值的报酬），那么以债券支付工资在法律上可能是被允许的。

2. 潜在法律风险：

   • 债券价值波动：债券的市场价值可能会受到市场利率、信用评级等多种因素的影响而波动。如果以债券支付工资，劳动者可能面临因债券价值下降而导致的实际收入减少的风险。
   • 流动性问题：与货币相比，债券的流动性可能较差。劳动者在需要资金时，可能无法及时将债券变现，从而影响其生活。
   • 法律合规性：虽然法律未明确禁止以债券支付工资，但用人单位仍需确保该支付方式符合相关法律法规的要求，如不得违反最低工资标准、不得拖欠工资等。

3. 操作建议：

   • 明确协议内容：如果双方决定以债券支付工资，应签订明确的协议，详细约定债券的种类、数量、价值、支付时间、支付方式等条款，以确保双方的权益得到保障。
   • 考虑劳动者权益：用人单位在决定以债券支付工资时，应充分考虑劳动者的权益，确保劳动者能够获得相当于货币价值的报酬，并避免因债券价值波动而导致的实际收入减少。
   • 咨询专业意见：在实施以债券支付工资的方案前，建议用人单位和劳动者咨询专业律师或财务顾问的意见，以确保方案的合法性和可行性。

4. 特殊情况说明：

   • 如果用人单位因经营困难等原因无法以货币形式支付工资，且与劳动者协商一致以债券等其他形式支付工资作为临时措施，那么在特定情况下可能是被允许的。但这种情况下，用人单位仍需尽快恢复以货币形式支付工资，并确保劳动者的合法权益不受损害。

综上所述，经双方协商工资由债券支付在特定条件下是合法的，但需注意相关法律风险和操作细节。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。