当市场监管局立案后，经过深入调查，如果发现违法事实不能成立，会依据相关法律法规进行妥善处理，以确保法律的公正实施和当事人的合法权益。以下是针对这种情况的具体处理方式：

首先，市场监管局会严格遵守法律法规，确保整个处理过程的合法性和公正性。在调查过程中，他们会进行充分、全面、客观的调查取证工作，以收集足够的证据来支持或反驳违法事实的成立。

如果经过调查，市场监管局确认违法事实不能成立，他们会根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，作出不予行政处罚的决定。这意味着，由于证据不足或事实不清，市场监管局不会对企业或个人进行任何行政处罚。

同时，如果市场监管局在初步怀疑存在违法行为而立案后，但后续调查显示违法事实不成立，他们会及时撤销立案。这一操作旨在避免不必要的法律纠纷和当事人权益的损害。

此外，市场监管局在处理此类情况时，还会充分保障当事人的合法权益。他们会告知当事人调查的结果和不予行政处罚或撤销立案的决定，并解释相关的法律依据和理由。当事人如果有任何疑问或异议，也有权进行申辩或提出复议。

总的来说，当市场监管局立案后违法事实不成立时，他们会依法依规进行处理，确保法律的公正实施和当事人的合法权益不受损害。如果您或您的企业遇到类似情况，建议及时与市场监管局沟通，了解具体的处理流程和结果。