公司不可以直接起诉追回已支付的赔偿金。下面我将从法律角度详细解释这一结论。

首先，我们需要明确几个关键点：

1. 公司违法解除员工：这意味着公司已经做出了违法的行为，并因此承担了相应的法律责任，即支付赔偿金。
2. 两年后公司听说员工学历造假：这是公司在支付赔偿金之后获取的新信息，但这并不改变之前违法解除员工的事实。

现在，我们根据这些关键点进行法律分析：

1. 赔偿金的性质：赔偿金是公司因违法解除员工而承担的法律责任，一旦支付，除非有法定事由，否则不得随意追回。
2. 学历造假与赔偿金的关系：学历造假是员工个人诚信问题，与公司违法解除员工的法律责任是两个独立的事实。学历造假并不能作为公司追回已支付赔偿金的法定事由。
3. 法律程序：如果公司认为员工学历造假对其造成了损失，可以另行通过法律途径追究员工的责任，但这与之前的赔偿金支付无关。

综上所述，公司不能因为员工学历造假而直接起诉追回已支付的赔偿金。如果公司确实因员工学历造假遭受了损失，可以另行提起诉讼或采取其他法律措施来维护自己的权益。

希望这个解释能够帮助你更好地理解这个问题。如果你还有其他法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。