结论前置：月休两天超休1天扣三天工资的做法，可能违反了《劳动法》中关于工资支付和加班的相关规定。具体是否违法，还需根据实际的劳动合同内容、工作性质以及用人单位的相关规章制度来综合判断。

分析说明：

1. 《劳动法》关于工资支付的规定：

   • 根据《劳动法》及相关规定，用人单位应当按时足额支付劳动者的工资，不得无故克扣或者拖欠。
   • 工资是劳动者提供劳动的报酬，用人单位无权随意扣减。

2. 超休与扣工资的关系：

   • 如果劳动合同或用人单位的规章制度中明确规定了超休的扣罚标准，且该标准不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位可以按照约定执行。
   • 但如果扣罚标准过高，如超休1天扣3天工资，可能构成对劳动者的不公平对待，甚至可能违反《劳动法》中关于工资支付的规定。

3. 加班与休息日的处理：

   • 如果劳动者在休息日加班，用人单位应当按照法律规定支付加班费，而不是通过扣减其他工作日的工资来“抵消”。
   • 休息日是劳动者依法享有的权益，用人单位无权通过扣工资的方式来限制或剥夺。

4. 建议与解决方案：

   • 劳动者应仔细查阅自己的劳动合同和用人单位的规章制度，了解关于超休和扣工资的具体规定。
   • 如果认为用人单位的扣罚标准不合理或违法，可以与用人单位进行沟通协商，要求调整或纠正。
   • 如果沟通无果，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉举报，寻求法律援助或提起劳动争议仲裁。

综上所述，月休两天超休1天扣三天工资的做法可能存在问题，具体是否违法需根据实际情况来判断。劳动者应了解自己的权益和用人单位的规章制度，并在必要时采取合适的措施来维护自己的合法权益。