结论前置：月休三天却休了五天，是否只扣两天的工资，这并非一个绝对确定的答案，而是需要根据具体情况，特别是公司的规章制度和劳动合同中的相关约定来判断。
分析说明：
公司规章制度与劳动合同：首先，要查看公司是否有明确的规章制度规定员工的休假制度以及超休的处理方式。同时，劳动合同中也可能包含关于休假、工资扣除等条款。这些规定将直接决定超休后工资如何扣除。
按日或按月计薪：工资的计算方式也会影响扣除的金额。如果是按日计薪，那么超休的天数确实可能直接对应工资扣除的天数。但如果是按月计薪，且工资中包含固定部分和绩效、奖金等变动部分，那么扣除的方式可能会更加复杂，可能不仅涉及基本工资的扣除，还可能影响绩效、奖金等。
特殊情况：此外，还需要考虑是否有特殊情况，如员工是否因公超休（如出差、参加公司组织的活动等），或者公司是否有特殊政策（如带薪病假、带薪事假等）。这些特殊情况都可能影响工资的扣除。
总结：
因此，无法简单地回答“月休三天休了五天是不是只扣两天的工资”。正确的做法应该是查阅公司的规章制度和劳动合同，了解具体的休假和工资扣除规定，并根据实际情况进行计算。如果有任何疑问或争议，建议及时与公司的人力资源部门沟通，或者寻求专业律师的帮助。如果你在这方面有进一步的问题，可以直接向我咨询。