针对您提出的“建筑工程合同法院撤销无效后工程质量未验收怎么处理”的问题，以下是根据相关法律法规和常规做法提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，当建筑工程合同被法院认定为无效后，该合同的法律效力即告消灭，但工程实体仍然存在，且可能涉及工程质量、安全等多方面问题。因此，对于工程质量未验收的情况，需要分别考虑不同情形进行处理。
一、工程未验收且发包人未使用
协商处理：
- 在合同无效且工程未验收的情况下，首先建议发包人和承包人通过友好协商，就工程验收、修复或赔偿等问题达成一致意见。
法律途径：
- 若协商无果，且因此产生纠纷，发包人或承包人可以向法院提起诉讼。但需要注意的是，由于合同无效，法院在受理此类案件时可能会更加谨慎，并根据具体情况决定是否受理。
- 法院受理后，将依据相关法律法规和事实情况，对双方的权益进行裁决。在裁决过程中，法院可能会考虑工程质量、双方过错程度、损失大小等因素，以确定责任承担和赔偿数额。
修复与验收：
- 若工程存在质量问题，承包人应承担修复责任，并在修复后申请验收。若修复后的工程经竣工验收合格，发包人应支付相应的修复费用（如双方有约定）。
二、工程未验收但发包人已擅自使用
视为验收合格：
- 根据相关法律法规，若发包人未经竣工验收擅自使用工程，通常视为工程已经验收合格。此时，承包人有权要求发包人支付工程价款。
法律责任：
- 然而，若工程在使用过程中出现质量问题或安全隐患，发包人仍需承担相应的法律责任。同时，承包人也可能因工程质量问题而承担一定的责任，具体责任划分需根据双方过错程度和法律规定来确定。
三、其他注意事项
证据保留：
- 在处理此类纠纷时，双方应妥善保留相关证据，如合同文本、施工图纸、验收报告、支付凭证等，以便在诉讼或协商过程中提供有力支持。
法律咨询：
- 由于建筑工程合同纠纷涉及复杂的法律问题和专业知识，建议双方在处理纠纷时寻求专业律师的法律咨询和帮助。
综上所述，建筑工程合同被法院撤销无效后工程质量未验收的处理方式需根据具体情况而定。双方应首先尝试通过协商解决问题；若协商无果，则可考虑通过法律途径解决纠纷。在处理过程中，双方应遵守相关法律法规和合同约定，并妥善保留相关证据以维护自身权益。