公司控告员工职务侵占罪，但公司欠员工工资，这两个问题是不同的法律关系，需要分别处理。

1. 关于公司控告员工职务侵占罪：

   • 职务侵占罪是指公司、企业或其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。如果员工确实存在这样的行为，并且达到了法律规定的数额标准，那么公司有权向公安机关报案，由司法机关依法追究其刑事责任。
   • 在此过程中，员工不能以公司欠薪为由进行抗辩，因为欠薪与职务侵占是两个不同的法律问题，不能相互抵消或作为抗辩理由。

2. 关于公司欠员工工资：

   • 公司欠员工工资，员工可以通过合法途径来维护自己的权益。首先，可以与公司进行协商，要求支付所欠工资。如果协商不成，可以向当地劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令公司限期支付。如果公司逾期不支付，还可以要求加付赔偿金。
   • 另外，员工也可以向劳动仲裁委员会申请仲裁，通过仲裁裁决要求公司支付工资及相关补偿。如果对仲裁结果不服，还可以在规定期限内向法院提起诉讼。

3. 综合建议：

   • 对于公司而言，如果员工存在职务侵占行为，应及时向公安机关报案，并通过法律程序追究其责任。同时，也应反思自身是否存在欠薪等管理问题，并尽快解决，以避免类似纠纷的发生。
   • 对于员工而言，如果公司欠薪，应通过合法途径来维护自己的权益，而不是采取非法手段进行报复或抗辩。如果同时面临职务侵占的指控，应积极配合司法机关的调查，并如实陈述事实情况。

总之，职务侵占与公司欠薪是两个不同的法律问题，需要分别处理。双方都应遵循法律程序，通过合法途径来解决纠纷。