结论：公司若以职务侵占为由起诉员工，但缺乏证明员工职务的证据，将面临较大的诉讼风险，甚至可能导致败诉。以下从不同角度进行详细分析：

一、职务侵占罪的构成要件

职务侵占罪是指公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的行为。其构成要件包括：

1. 主体要件：犯罪主体为公司、企业或者其他单位的工作人员，且需具有一定的职务身份。
2. 主观要件：行为人具有非法占有本单位财物的故意。
3. 客观要件：行为人利用职务上的便利，实施了侵占本单位财物的行为。
4. 客体要件：侵犯了公司、企业或者其他单位的财产所有权。

关键点：在职务侵占罪的认定中，“职务身份”和“利用职务上的便利”是核心要素。若公司无法提供充分证据证明员工具有相应的职务身份，以及员工利用该职务身份实施了侵占行为，则难以构成职务侵占罪。

二、公司起诉员工职务侵占但缺乏职务证明的法律后果

1. 诉讼风险增加：若公司无法提供员工职务的证明，法院在审理案件时，将难以认定员工是否具备职务侵占罪的主体要件，从而增加公司的诉讼风险。
2. 可能败诉：在缺乏关键证据的情况下，法院可能无法支持公司的诉讼请求，导致公司败诉。这不仅会使公司遭受经济损失，还可能影响公司的声誉和形象。
3. 举证责任倒置的风险：虽然一般情况下，举证责任在原告方（即公司），但在某些特定情况下，如员工提出反驳证据或法院认为有必要时，可能要求公司承担更多的举证责任。若公司无法提供充分证据，将面临举证不能的不利后果。

三、公司应如何应对

1. 收集证据：公司应尽快收集能够证明员工职务身份以及员工利用职务便利实施侵占行为的证据。这些证据可以包括劳动合同、职务任命书、工作记录、财务记录等。
2. 咨询专业律师：在收集证据的过程中，公司应咨询专业律师的意见，确保所收集的证据合法、有效，并能够支持公司的诉讼请求。
3. 考虑其他法律途径：若确实无法证明员工职务身份或员工利用职务便利实施侵占行为，公司可以考虑通过其他法律途径维护自身权益，如提起民事诉讼要求员工赔偿损失等。

四、员工应如何应对

1. 积极应诉：若员工被公司起诉职务侵占，应积极应诉，配合法院的审理工作。
2. 提供反驳证据：员工可以提供能够证明自己没有职务身份或没有利用职务便利实施侵占行为的证据，以反驳公司的诉讼请求。
3. 咨询专业律师：员工在应诉过程中，也应咨询专业律师的意见，确保自己的合法权益得到保护。

总结与建议：公司若以职务侵占为由起诉员工，必须确保有充分证据证明员工的职务身份以及员工利用职务便利实施了侵占行为。否则，将面临较大的诉讼风险。因此，建议公司在起诉前务必收集充分证据，并咨询专业律师的意见。同时，员工在面对此类诉讼时，也应积极应诉并提供反驳证据，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。