员工单休只休了两天，这两天是有工资的。具体分析如下：

在劳动工伤（工资福利）领域，员工的工资权益受到《中华人民共和国劳动法》的保护。对于员工单休只休了两天的情况，我们需要从以下几个方面来详细分析：

1. 休息日的性质：

   • 休息日通常是员工按照法律规定或劳动合同约定享有的休息时间。在单休制度下，员工每周享有一天休息日。
   • 如果员工在某周内只休了两天，且这两天中有一天是法定的休息日（即单休日），那么这一天是应当支付工资的。

2. 工资的计算：

   • 工资的计算通常基于员工的工作天数、小时数以及约定的工资标准。
   • 在员工只休了两天的情况下，如果这两天都包含了法定的休息日，那么这两天都应计入工资计算周期，即员工应获得这两天对应的工资。

3. 特殊情况的处理：

   • 如果员工在休息日加班，那么根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，用人单位应当按照不低于劳动者正常工作时间工资的标准支付加班工资。
   • 在本题中，并未提及员工是否加班，因此我们默认员工在休息日没有加班，即按照正常休息日处理。

综上所述，员工单休只休了两天，这两天是包含法定的休息日的，因此这两天是有工资的。如果用人单位未按照法律规定支付工资，员工可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助以保护自己的合法权益。