事业单位对违纪发放的津补贴不可以直接扣工资作为处罚，这样的做法通常不合法。下面我将从法律角度详细解释这一结论：

1. 工资权益保护：

   • 工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，受法律严格保护。
   • 任何单位或个人不得无故克扣或者拖欠劳动者的工资。

2. 违纪处理规定：

   • 事业单位对违纪员工有相应的处理规定，通常包括警告、记过、降职、撤职等纪律处分。
   • 对于违纪发放的津补贴，事业单位应当通过合法的程序进行追回，而不是直接扣工资。

3. 法律程序要求：

   • 如果事业单位认为员工存在违纪行为，需要按照法定的程序进行调查、核实，并作出相应的处理决定。
   • 在处理决定中，应当明确违纪事实、处理依据、处理结果等内容，并告知员工享有申诉等权利。

4. 扣工资的法律限制：

   • 扣工资作为一种处罚措施，必须严格依法进行。
   • 除非有明确的法律依据（如劳动合同约定、单位规章制度规定且不违反法律法规），否则事业单位不得随意扣工资。

综上所述，事业单位对违纪发放的津补贴不能直接扣工资作为处罚。如果事业单位认为员工存在违纪行为并需要追回津补贴，应当按照法定的程序进行调查和处理，并通过合法途径追回相关款项，而不是直接扣工资。如果员工对处理决定有异议，可以依法进行申诉或寻求法律援助。