事业单位职工违反劳动纪律罚款是否合法需分情况讨论：

1. 若罚款依据为合法有效的规章制度，且程序正当，则合法
   根据《劳动合同法》第四条，用人单位（包括事业单位）可依法制定规章制度，对违反劳动纪律的行为设定处罚措施，但需满足以下条件：

   • 内容合法：规章制度不得违反法律强制性规定（如罚款金额不得超过法定比例）。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同约定要求赔偿，且每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%。若罚款以“赔偿损失”名义实施，需符合该比例限制。
     
   • 程序民主：规章制度需经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表协商确定，并公示或告知劳动者。
     
   • 证据充分：用人单位需证明劳动者存在违纪行为（如考勤记录、监控录像等），且罚款与违纪行为直接相关。
     

2. 若罚款缺乏依据或程序违法，则不合法

   • 无规章制度依据：若事业单位未制定合法有效的规章制度，或规章制度未明确规定罚款条款，直接罚款缺乏法律依据。
     
   • 罚款超出法定范围：如罚款金额超过劳动者当月工资的20%，或以“罚款”名义变相克扣工资（如未造成实际损失仍罚款），均属违法。
     
   • 程序违法：如未履行民主程序制定规章制度，或未向劳动者公示/告知，罚款决定无效。
     

建议：

• 对劳动者：若认为罚款违法，可要求用人单位出具规章制度依据及违纪证据，或向劳动监察部门投诉（12333）。
  
• 对事业单位：制定规章制度时需严格履行民主程序，明确罚款条件、金额及程序，并保留相关证据，避免法律风险。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的法律适用问题。