可以主张农村自建房建设在耕地上时的房屋转让合同无效。以下是对此问题的详细分析：
一. 耕地保护的法律规定
根据《土地管理法》的相关规定，国家对耕地的保护是非常严格的，坚守耕地的最低红线。在耕地上建造的建筑根据这一法律规定是违法的，通常会被责令进行改正或者治理。将这类占用耕地的违法建筑进行买卖破坏了国家的耕地秩序，是一种对国家和公共利益的损害。
二. 违法建筑买卖合同的效力
损害社会公共利益：由于占用耕地的违法建筑买卖合同损害了社会公共利益，根据《民法典》的相关原则，损害社会公共利益的民事法律行为无效。因此，这类房屋转让合同可以被主张为无效。
合同无效的法律后果：一旦房屋转让合同被认定为无效，那么基于该合同所产生的权利义务关系将不复存在。双方应当恢复原状，即卖方应当返还买方已支付的购房款，买方应当退还房屋。如果因合同无效给一方造成了损失，过错方还应当承担相应的赔偿责任。
三. 实际案例的启示
在现实生活中，农村自建房建设在耕地上并进行转让的情况并不少见。然而，这种转让行为往往因为违反了国家关于耕地保护的法律规定而被认定为无效。因此，在进行农村房屋转让时，双方应当谨慎核实房屋的土地性质，确保交易合法合规。
综上所述，可以主张农村自建房建设在耕地上时的房屋转让合同无效。在进行农村房屋转让时，双方应当严格遵守国家关于土地和房地产的相关法律规定，确保交易的合法性和有效性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。