农村耕地私自流转让别人盖房的协议一般是无效的。以下是对这一问题的详细分析：
一、协议无效的法律基础
土地性质与用途管制：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，农村土地属于集体所有，且土地用途受到严格管制。耕地是用于农业生产的土地，其用途不得随意改变。
- 将耕地私自流转用于盖房，显然改变了土地的用途，违反了土地用途管制制度，因此该协议因违反法律强制性规定而无效。
协议有效条件：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百四十三条，民事法律行为有效的条件包括：行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
- 私自流转耕地用于盖房的协议，由于违反了土地管理法的强制性规定，因此不满足民法典中关于民事法律行为有效的条件。
二、协议无效的具体情形
擅自改变土地用途：
- 如前所述，将耕地用于非农业建设（如盖房）且未经过合法审批手续，是协议无效的主要原因。
- 示例：村民A将承包的耕地私自流转给村民B用于建造房屋，双方签订了流转协议。但由于该协议违反了土地用途管制制度，因此无效。
流转程序不合法：
- 即使流转的是土地承包经营权（而非所有权），也需要遵循一定的程序，如向发包方备案等。
- 私自流转且未履行必要程序的协议，也可能因程序不合法而无效。不过，在本案中，由于流转目的是改变土地用途用于盖房，因此程序不合法并非主要无效原因，但仍是协议无效的一个方面。
三、协议无效的法律后果
恢复原状：
- 由于协议无效，双方应恢复土地至原始状态，即耕地应恢复用于农业生产。
- 如果已经建造了房屋或其他设施，可能需要拆除并恢复土地原状。
赔偿损失：
- 如果因协议无效给一方或双方造成损失，受损方有权要求赔偿。
- 赔偿范围可能包括因流转而产生的直接损失（如土地改良费用）和间接损失（如因无法使用土地而产生的收益损失）。不过，在本案中，由于流转目的是非法改变土地用途，因此受损方可能难以获得法律支持。
四、建议与注意事项
遵守法律法规：
- 在进行土地流转时，务必遵守相关法律法规和政策规定，确保流转行为的合法性和有效性。
- 特别是要遵守土地用途管制制度，不得擅自改变土地用途。
咨询专业意见：
- 在进行土地流转前，建议咨询专业律师或相关部门（如农村土地管理部门）的意见，以确保流转行为的合规性。
- 如果有任何疑问或不确定之处，应及时寻求专业帮助以避免潜在的法律风险。
签订书面协议并备案：
- 如果确实需要进行土地流转（如土地承包经营权的流转），应签订书面协议并明确双方的权利义务关系。
- 同时，应按照相关规定向发包方备案或办理其他必要手续以确保协议的合法性和有效性。
综上所述，农村耕地私自流转让别人盖房的协议一般是无效的。在进行土地流转时，请务必遵守相关法律法规和政策规定以确保流转行为的合法性和有效性。如果有任何法律问题或疑问，请直接向我咨询。