关于农村自建房转让协议书的效力问题，这确实是一个涉及多方面法律因素的复杂议题。下面，我将结合相关法律法规和实际情况，为您详细分析农村自建房转让协议书的有效性。
一、协议有效的关键条件
购买人资格：
- 购买人必须是同一集体经济组织成员，即户口需在该集体经济组织内，且符合宅基地申请条件。这是农村宅基地使用权的特定要求，旨在保障农村集体的居住权益。
产权完整性：
- 出卖人对房屋必须拥有完整的产权证明，包括合法的建房审批手续、宅基地使用证等。只有产权清晰无瑕疵的房屋才能进行合法交易。
双方自愿与合法性：
- 买卖双方需自愿签订协议，且协议内容不得违反法律法规的强制性规定和公序良俗。例如，协议中不能约定改变宅基地用途用于商业开发等违反宅基地使用性质的内容。
符合法定形式：
- 房屋转让合同通常应采用书面形式，并依法办理相关登记、批准手续。这是确保合同效力和双方权益的重要步骤。
村委会与政府批准（视情况而定）：
- 在某些地区，农村自建房的转让可能需要经过村委会的同意和政府的批准。这取决于当地的具体政策和规定，因此在进行转让前，最好先了解清楚当地的要求。
二、协议可能无效的情况
购买人资格不符：
- 如果购买人不是同一集体经济组织成员，如城镇居民或外村村民，那么所签订的购买协议大概率会被认定无效。因为这种交易可能破坏农村宅基地的分配制度，损害农村集体的利益。
产权问题：
- 若出卖人对房屋没有合法的产权证明，或者房屋产权存在其他瑕疵，如未取得相应的建房审批手续、宅基地使用证等，这种情况下签订的协议也可能无效。
违反法律法规或公序良俗：
- 如果协议内容存在违反法律、行政法规的强制性规定的条款，或者违背公序良俗，如约定不合理的转让价格、改变宅基地用途等，协议同样会被认定无效。
缺乏民事行为能力或真实意思表示：
- 如果签订协议时，一方或双方缺乏民事行为能力，或者协议并非出于双方真实意思表示（如受欺诈、胁迫等），那么协议也可能无效。
三、协议无效后的处理
当协议被认定无效后，双方通常需要互相返还财产。即出卖人需要退还购房款给买受人，而买受人则需要将房屋返还给出卖人。如果因一方过错给对方造成损失，有过错的一方还应当承担赔偿责任。
四、建议
在签订农村自建房转让协议书前，我强烈建议您咨询专业律师或当地相关部门，以了解自身情况是否符合法律规定，并确保合同的签订具备法律效力。同时，您也可以要求出卖人提供完整的产权证明和相关审批手续，以降低交易风险。
综上所述，农村自建房转让协议书的效力问题需要根据具体情况进行综合判断。在签订协议前，务必确保所有条件均符合法律规定，以保障双方的合法权益。