农村土地存在纠纷时，转让合同的效力需分情况讨论，具体如下：

1. 若纠纷不影响合同核心条款效力，合同仍有效
   若土地纠纷仅涉及边界争议、轻微权属瑕疵（如未及时登记但实际权属清晰），且双方对转让的核心条款（如转让范围、价款、期限）无异议，合同本身仍具备法律效力。此时纠纷可通过协商、行政确权或诉讼解决，但不影响合同效力认定。例如：两户村民因土地边界测量误差产生争议，但双方均认可转让合同中的面积和价款，此时合同仍有效。

2. 若纠纷导致合同核心条款无法履行，合同可能无效或可撤销

   • 无效情形：若土地存在根本性权属争议（如转让方非实际权利人、土地被征收未补偿、属于集体组织保留地等），或转让行为违反法律强制性规定（如未经集体同意转让宅基地使用权），合同可能因主体不适格或内容违法而无效。
     
   • 可撤销情形：若一方因重大误解（如误认土地性质）或欺诈（如隐瞒土地被查封事实）签订合同，受损害方可请求法院或仲裁机构撤销合同。

3. 合同效力与纠纷解决程序的关联性
   若纠纷已进入行政确权（如向乡镇政府申请土地权属裁决）或司法程序（如起诉确认权属），在权属明确前，合同效力可能处于“待定”状态。但需注意：合同效力与权属归属是独立法律问题，即使土地最终确权给第三方，若转让方在签约时存在过错（如明知无权处分），仍需承担违约责任。

实务建议：

• 签约前务必核查土地权属证明（如《农村土地承包经营权证》《集体建设用地使用证》），并要求转让方提供权属无争议的书面承诺；
  
• 若纠纷已存在，建议先通过协商或行政程序明确权属，再签订转让合同；
  
• 合同中应设置“权属瑕疵担保条款”，明确违约责任，降低风险。
  

如有具体纠纷细节，可进一步向我咨询，我会结合案例为您详细分析。