民事案件开庭中申请回避，不能当庭予以驳回。具体分析如下：

1. 申请回避的法律规定：

   • 根据《民事诉讼法》第45条，申请人申请回避应当在案件开庭审理时提出，回避事由在案件开始审理后知道的，也可以在法庭辩论终结前提出。
   • 申请人既可以采用口头申请的方式，也可以采取书面申请的方式，并应当说明理由。

2. 回避申请的审查与决定：

   • 法院对当事人提出的回避申请，应当在申请提出的一定期限内（通常为3日内），以口头或者书面的形式作出决定。
   • 被申请回避的人员在是否回避决定作出之前，应当暂停参与本案的工作，但案件需要采取紧急措施的除外。
   • 院长担任审判长时的回避，由审判委员会决定；审判人员（包括书记员、执行员）的回避，由院长决定；翻译人员、鉴定人、勘验人的回避，由审判长决定。

3. 当庭驳回回避申请的合法性：

   • 当庭直接驳回回避申请可能违反法定程序，因为法院需要对回避申请进行审查，并根据具体情况作出决定。
   • 若申请回避的理由较为复杂，需要进一步核实相关事实或证据，法院通常不会当庭驳回，而是会在对相关情况进行全面审查后，再作出是否驳回回避申请的决定。

4. 对回避决定的复议：

   • 申请人对回避决定不服的，可以在接到决定时申请复议一次。
   • 复议期间，被申请回避的人员不停止参与本案工作，但复议决定应当在一定期限内（通常为3日内）作出，并通知复议申请人。

综上所述，民事案件开庭中申请回避时，法院不能当庭予以驳回，而应当按照法定程序进行审查，并根据具体情况作出决定。若对回避决定不服，申请人有权申请复议。