公司不能以你使用虚拟机打卡为由扣你工资。下面我来详细解释一下这个问题：
首先，公司扣减员工工资必须基于合法、合理且明确的规定或约定。如果公司规章制度或劳动合同中并未明确规定使用虚拟机打卡是违规行为，或者未明确说明该行为会导致工资扣减，那么公司就无权以此为由扣减你的工资。
其次，即便公司规章制度或劳动合同中有相关规定，但该规定是否合法、合理也值得商榷。例如，如果规定过于苛刻、不合理，或者侵犯了员工的合法权益，那么该规定可能无效。
最后，如果公司确实扣减了你的工资，你可以通过以下途径维护自己的权益：
与公司沟通：首先尝试与公司人事部门或管理层沟通，了解扣减工资的具体原因，并提出你的异议。
申请劳动仲裁：如果沟通无果，你可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司恢复你的工资并赔偿相关损失。
提起诉讼：如果劳动仲裁结果不满意，你还可以向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
总之，公司扣减员工工资必须基于合法、合理且明确的规定或约定。如果你认为公司扣减你的工资没有合法依据，你可以通过上述途径维护自己的权益。如果你在这个过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。