员工使用模拟器上班打卡的行为，在大多数情况下是不合法的，并且可能违反公司的考勤制度以及劳动法的相关规定。以下是对这一问题的详细解答：

一、公司考勤制度的角度

1. 公司规定：许多公司都在劳动合同或员工手册中明确规定了考勤制度，包括打卡方式、打卡时间等。如果员工使用模拟器打卡，这很可能被视为违反公司规定的行为。

2. 虚假考勤：使用模拟器打卡实际上是一种虚假考勤行为，它掩盖了员工真实的出勤情况。这种行为不仅损害了公司的利益，也破坏了公司的管理秩序。

二、劳动法的角度

1. 劳动纪律：根据《中华人民共和国劳动法》的相关规定，劳动者应当遵守劳动纪律和职业道德。使用模拟器打卡显然违反了这一原则，因为它是一种欺骗行为，违背了诚实信用的职业道德。

2. 解除劳动合同：如果员工因使用模拟器打卡等虚假考勤行为被公司发现，并且这种行为严重违反了公司的考勤制度或劳动合同中的相关条款，公司有权依据劳动法规定解除与该员工的劳动合同。

三、实际案例分析

1. 案例一：有员工因使用模拟器或类似手段进行虚假打卡，被公司发现后解除劳动合同。该员工不服并申请劳动仲裁，但仲裁委和法院均驳回了其请求，认为公司的解除行为合法。

2. 案例二：另一员工因多次找同事代打卡被辞退。法院在审理此案时认为，该员工的行为属于严重违反劳动纪律的行为，公司解除劳动合同符合法律规定。

四、法律后果

1. 民事责任：员工因使用模拟器打卡等虚假考勤行为被公司解除劳动合同后，可能无法获得经济补偿金或赔偿金。

2. 刑事责任：在极端情况下，如果员工使用模拟器打卡等行为涉及侵入、非法控制计算机信息系统等犯罪行为，还可能面临刑事责任。

五、建议

1. 遵守公司规定：员工应严格遵守公司的考勤制度和其他相关规定，诚实守信地履行自己的工作职责。

2. 寻求合法途径：如果员工对公司的考勤制度或其他管理规定有异议或建议，应通过合法途径向公司提出，而不是采取欺骗等不正当手段。

综上所述，员工使用模拟器上班打卡的行为是不合法的，并且可能带来严重的法律后果。因此，我建议员工应严格遵守公司的考勤制度和其他相关规定，以维护自己的合法权益和公司的正常管理秩序。