结论：公司针对部分员工打卡是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 公司规章制度合法性角度

   • 合法情形：如果公司规章制度中明确规定了打卡制度，并且该制度已经过民主程序制定（如职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定），同时不违反国家法律、行政法规及政策规定，且已向劳动者公示或告知，那么公司针对部分员工（如特定岗位、特定工作性质的员工）实施打卡制度是合法的。例如，对于需要严格考勤的岗位，如销售、客服等，公司可以要求这些岗位的员工打卡以记录工作时间。
   • 违法情形：如果公司规章制度中的打卡制度未经民主程序制定，或者违反了国家法律、行政法规及政策规定（如要求员工在非工作时间打卡），或者未向劳动者公示或告知，那么该打卡制度可能被视为无效，公司针对部分员工实施这样的打卡制度就是违法的。

2. 员工权益保护角度

   • 合法打卡不侵犯权益：如果打卡制度合法，且公司实施打卡制度时未侵犯员工的合法权益（如未因打卡而克扣工资、未因未打卡而随意处罚员工等），那么公司针对部分员工打卡是合法的。
   • 违法打卡侵犯权益：如果公司以打卡为由侵犯员工的合法权益，如因员工未打卡而随意克扣工资、罚款，或者将打卡记录作为解雇员工的唯一依据而不考虑其他因素，那么这种打卡制度就是违法的，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

3. 特殊情况处理角度

   • 远程办公或弹性工作制：对于实行远程办公或弹性工作制的员工，公司如果要求他们像在办公室一样打卡，可能不太合理。因为这种情况下，员工的工作时间和地点更加灵活，打卡可能无法准确反映他们的工作状态。公司应该根据实际情况制定合理的考勤制度，如要求员工定期汇报工作进度、完成工作任务等。
   • 特殊岗位或工作性质：对于某些特殊岗位或工作性质的员工（如外勤人员、销售人员等），公司如果要求他们严格打卡可能也不太实际。公司应该根据这些岗位的特点制定更加灵活的考勤制度，如要求他们提交工作报告、客户拜访记录等作为考勤依据。

法律建议：

• 如果您作为员工，认为公司的打卡制度不合法或侵犯了您的合法权益，您可以先与公司协商解决；协商不成的，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 如果您作为公司方，想要实施打卡制度，请确保该制度已经过民主程序制定、不违反国家法律法规及政策规定、已向劳动者公示或告知，并且在实际操作中尊重和保护员工的合法权益。

可能法律后果：

• 如果公司打卡制度违法或侵犯员工权益，公司可能面临劳动监察部门的处罚、员工的投诉或劳动仲裁申请，甚至可能需要承担赔偿责任。
• 如果员工违反合法的打卡制度，公司可以根据规章制度对员工进行相应的处理，但处理方式必须合法合理，不能侵犯员工的合法权益。

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