在居间合同纠纷案中，如果业主是两人，但中介只起诉其中一个业主，程序的合法性取决于具体的合同内容和法律规定。以下是对这一问题的详细分析：

1. 合同约定：

   • 首先，需要查看居间合同中的具体约定。如果合同中明确规定了中介在发生纠纷时可以只起诉其中一个业主，那么中介的做法就是合法的。
   • 如果合同中没有明确规定，或者规定需要同时起诉两位业主，那么中介只起诉其中一个可能会面临程序上的问题。

2. 法律连带责任：

   • 在很多情况下，如果两位业主共同作为合同的一方（比如共同作为卖方或买方），他们可能对合同中的义务承担连带责任。这意味着，如果中介选择起诉其中一个业主，该业主可能需要承担全部责任，但随后他有权要求另一位业主承担其应承担的部分。
   • 然而，这并不意味着中介可以随意选择只起诉其中一个业主。是否可以这样做，还需要根据具体的法律规定和案件事实来判断。

3. 法院裁决：

   • 最终，程序的合法性将由法院来裁决。如果中介只起诉其中一个业主，而该业主认为这不符合合同约定或法律规定，他可以在诉讼过程中提出抗辩。
   • 法院将会根据合同内容、法律规定以及案件事实来综合判断中介的起诉是否符合程序要求。

综上所述，居间合同纠纷案中，业主是两人而中介只起诉其中一个业主的程序合法性并不是一个简单的“是”或“否”的问题。它取决于具体的合同内容、法律规定以及案件事实。因此，建议在实际操作中，最好先咨询专业律师（如我），以获取更具体的法律建议和帮助。如果你有任何进一步的法律问题，可以直接向我提问。