公司离职单是自动离职报告单不合法。具体分析如下：

1. “自动离职”声明的无效性：

   • 在劳动法层面，“自动离职”声明或通知其实并不具有法律效力。原劳动部办公厅的复函中明确了“自动离职”是指职工擅自离职的行为，企业需依据相关规定对其作出除名处理。因此，“自动离职”仅是一种状态描述，而非一种能够直接解除劳动关系的制度。

2. 劳动关系的解除方式：

   • 根据《劳动合同法》，劳动关系的解除主要有三种方式：员工单方解除合同、双方协商解除、企业单方面解除。即使员工出现“自动离职”的情况，企业仍需按照法定程序来解除劳动关系，不能仅凭“自动离职报告单”就视为劳动关系已经解除。

3. 公司规章制度的合法性：

   • 如果公司规章制度中规定了“视为自动离职”的情形，并且该规定经过了民主制定和公示，那么该规定在内容合法、合理且公平的前提下，可以作为企业单方面解除劳动关系的依据。但即便如此，执行时仍需遵循法定程序，如提前通知、支付经济补偿等。

4. 实际执行中的注意事项：

   • “视为自动离职”不能替代正常的解除劳动合同程序。企业在执行时应确保行为的合法性和合规性，避免因程序不当而引发劳动纠纷。

综上所述，公司离职单是自动离职报告单不合法。因为“自动离职”并不具有直接解除劳动关系的法律效力，企业需按照法定程序来解除劳动关系。如果公司在处理员工离职问题时遇到困惑或争议，建议咨询专业律师以确保行为的合法性和合规性。你可以直接向我提问相关法律问题，我会为你提供专业的解答和建议。