结论：公司发自动离职告知函是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、合法情形
员工确实存在自动离职行为：
- 如果员工在未履行请假手续、未与用人单位协商一致的情况下，擅自离开工作岗位，且达到一定期限（如连续旷工超过一定天数），用人单位在掌握充分证据（如考勤记录、工作交接记录、同事证言等）的情况下，可以发出自动离职告知函，确认员工自动离职的事实，并据此解除劳动合同。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。若公司规章制度中明确规定了自动离职的情形及处理方式，且该规章制度已向员工公示或告知，则公司有权依据此规定处理。
告知函内容合法合规：
- 自动离职告知函应明确告知员工自动离职的事实、依据、后果以及公司解除劳动合同的决定。同时，应确保告知函的内容不违反法律法规的强制性规定，不侵犯员工的合法权益。
- 示例：告知函中应包含员工的姓名、工作岗位、自动离职的时间、公司解除劳动合同的依据（如规章制度条款）、解除劳动合同的时间、经济补偿（如有）的处理方式等内容。
二、不合法情形
员工未自动离职或证据不足：
- 如果员工并未自动离职，或用人单位无法提供充分证据证明员工自动离职，则发出自动离职告知函可能构成违法解除劳动合同。
- 后果：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十八条，用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同，劳动者要求继续履行劳动合同的，用人单位应当继续履行；劳动者不要求继续履行劳动合同或者劳动合同已经不能继续履行的，用人单位应当依照本法第八十七条规定支付赔偿金。
告知函内容违法或侵犯员工权益：
- 如果自动离职告知函的内容违反法律法规的强制性规定，或侵犯员工的合法权益（如未支付经济补偿、未办理离职手续等），则该告知函不具有法律效力。
- 示例：告知函中不得包含威胁、恐吓或侵犯员工隐私的内容；不得无故克扣员工工资或经济补偿；应按照法律法规的规定为员工办理离职手续等。
三、建议
对于用人单位：
- 在发出自动离职告知函前，应确保掌握充分证据证明员工自动离职的事实。
- 告知函的内容应合法合规，不侵犯员工的合法权益。
- 如有必要，可咨询专业律师或法律顾问，以确保告知函的合法性和有效性。
对于员工：
- 如收到自动离职告知函，应仔细阅读告知函的内容，了解公司解除劳动合同的依据和后果。
- 如认为公司解除劳动合同的行为违法或侵犯了自己的合法权益，可及时向劳动争议调解仲裁机构申请调解或仲裁，维护自己的合法权益。
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