竞业限制补偿金按年支付是合法的。具体分析如下：

一. 竞业限制补偿金的支付方式

1. 法律允许灵活约定：在竞业限制协议中，双方可以约定补偿的支付方式。按年发放是其中的一种方式，只要协议中有明确规定，就是合法的。
2. 按月支付并非唯一方式：虽然通常情况下，竞业限制补偿金会按月发放，但法律并未规定这是唯一的方式。因此，按年支付并不违反法律规定。

二. 相关法律依据

1. 《中华人民共和国劳动合同法》第二十三条：用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。对负有保密义务的劳动者，用人单位可以在劳动合同或者保密协议中与劳动者约定竞业限制条款，并约定在解除或者终止劳动合同后，在竞业限制期限内按月给予劳动者经济补偿。此处虽提及“按月”，但并未排除其他支付方式，只要双方协商一致即可。
2. 协议优先原则：如竞业限制条文中有明确规定可按年度形式发放的话，那么应依照此方式执行。这体现了法律对双方意思自治的尊重。

综上所述，竞业限制补偿金按年支付是合法的，前提是双方在竞业限制协议中有明确的约定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。