针对“公司以违反员工手册为理由怎么处理”这一问题，首先我们要明确的是，公司确实有权依据员工手册对员工进行管理，但处理过程必须合法、合理且遵循一定的程序。以下是我作为律师，根据多领域法律实务经验，为你提供的详细解答：

1. 明确违规事实：

   • 公司应首先确保所指控的违反员工手册的行为是明确且有证据支持的。这包括收集相关证据，如监控录像、书面记录、目击者证言等，以证明员工确实存在违规行为。

2. 遵循处理程序：

   • 公司应按照员工手册或相关规章制度中规定的程序进行处理。这通常包括告知员工违规事实、给予员工陈述和申辩的机会、进行内部调查，并根据调查结果作出相应决定。

3. 确保处理决定合法合理：

   • 处理决定应基于事实，且不得违反法律法规和公司规章制度。对于轻微的违规行为，公司可能选择给予警告、罚款等较轻的处罚；对于严重的违规行为，如严重违反公司纪律或造成重大损失，公司可能选择解除劳动合同等较重的处罚。

4. 保障员工权益：

   • 在处理过程中，公司应尊重员工的合法权益，如知情权、申辩权等。如果员工对处理决定有异议，应提供申诉渠道，并按照公司规定或法律法规进行复核。

5. 预防与改进：

   • 公司还应通过此次事件进行反思，检查员工手册和相关规章制度是否存在漏洞或不足，及时进行修订和完善，以预防类似事件的再次发生。

综上所述，公司以违反员工手册为理由对员工进行处理时，必须确保处理过程合法、合理且遵循程序。如果你作为员工对此类处理有疑问或不满，建议及时与公司沟通，并保留相关证据以便在必要时维护自己的合法权益。如果你需要更具体的法律帮助或咨询，请随时向我提问。