公司以违反员工手册为由开除员工是否合法，需分情况讨论，员工维权方式也需结合具体情况选择。以下是详细分析：

一、公司开除行为的合法性分析

1. 员工手册的合法性基础
   公司开除员工的合法性首先取决于员工手册本身的合法性。根据《劳动合同法》第四条，员工手册作为公司规章制度，需满足以下条件才具有法律效力：

   • 内容合法：不得违反法律、行政法规的强制性规定（如禁止歧视、保障最低工资等）；
     
   • 民主程序：需经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表协商确定；
     
   • 公示告知：需向员工公示或送达（如培训签到、签字确认等）。
     若员工手册未满足上述条件，公司依据其开除员工可能被认定为违法解除。

2. 员工违规行为的严重性
   即使员工手册合法，公司开除员工还需满足“违规行为严重性”要求。根据《劳动合同法》第三十九条，公司可解除劳动合同的情形包括：

   • 严重违反公司规章制度；
     
   • 严重失职、营私舞弊，给公司造成重大损害；
     
   • 被依法追究刑事责任等。
     若员工仅违反一般性规定（如迟到几次），或违规行为未达到“严重”程度，公司直接开除可能构成违法解除。

3. 证据充分性
   公司需提供充分证据证明员工存在违规行为（如监控录像、书面记录、员工签字确认等）。若证据不足或存在程序瑕疵（如未调查取证、未听取员工申辩），开除行为可能被撤销。

二、员工维权方式

1. 与公司协商
   员工可首先与公司沟通，要求公司出具书面解除通知，并明确解除依据（如员工手册条款）。若公司拒绝沟通或理由不充分，可进入下一步维权。

2. 申请劳动仲裁
   若公司违法解除，员工可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，主张以下权利：

   • 继续履行合同：要求公司撤销解除决定，恢复劳动关系；
     
   • 赔偿金：若员工不要求继续履行，可主张2N倍经济补偿（N为工作年限，每满1年支付1个月工资）；
     
   • 未结工资及福利：如加班费、年终奖等。
     仲裁时效为1年，自员工知道或应当知道权益被侵害之日起计算。

3. 提起诉讼
   若对仲裁结果不服，员工可在收到裁决书后15日内向法院提起诉讼，进一步维护权益。

三、实务建议

1. 保留证据
   员工需保存员工手册、解除通知、工资条、考勤记录等证据，以证明公司行为违法或自身无过错。

2. 谨慎签字
   若公司要求员工签署离职文件或承认违规，需仔细阅读条款，避免签署对自己不利的文件。

3. 及时行动
   劳动争议处理有严格时效限制，员工需在权益受损后尽快维权，避免因拖延丧失权利。

总结：公司以违反员工手册为由开除员工是否合法，需结合员工手册合法性、违规行为严重性及证据充分性综合判断。若公司行为违法，员工可通过协商、仲裁或诉讼维权，主张继续履行合同或赔偿金。如有具体问题，可直接向我咨询，我将结合细节为您提供进一步分析。