结论：公司以员工违反员工手册为由辞退员工是否合法，需从多个角度综合判断，包括员工手册的制定与公示程序、员工违规行为的明确性与证据充分性、员工手册内容的合法性以及公司执行员工手册的一致性和公正性。只有在所有相关因素均符合法律法规要求时，公司的辞退行为才合法；否则，可能构成违法辞退，需承担相应法律责任。
一、员工手册的制定与公示程序
制定程序的合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，员工手册作为直接涉及劳动者切身利益的规章制度，应当经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。这一过程需有完整的记录，以证明民主程序的履行。
- 举例：若公司未召开职工代表大会或未与工会协商，直接制定员工手册，则该手册的制定程序不合法，不能作为辞退员工的依据。
公示与告知义务：
- 公司应将员工手册的内容向全体员工进行公示或告知，确保每位员工都能方便获取并了解相关规定。公示方式可包括新员工入职培训、公司内部办公系统发布、公告栏张贴等，并要求员工签字确认已知晓手册内容。
- 举例：若公司未将员工手册内容告知员工，或员工未签字确认已知晓，则公司不能仅凭员工手册辞退员工。
二、员工违规行为的明确性与证据充分性
违规行为的明确性：
- 员工手册中应明确列出各类违规行为及其后果，以便员工能够清晰了解哪些行为是禁止的。违规行为描述应具体、客观，避免模糊不清或主观臆断。
- 举例：若员工手册中仅规定“员工应遵守公司规章制度”，但未具体说明哪些行为构成违规，则公司不能仅凭此规定辞退员工。
证据的充分性：
- 公司在指控员工违反员工手册时，必须提供确凿的证据来支持其主张。证据可包括考勤记录、监控录像、同事证言、沟通记录、文件资料等，且这些证据应能够形成完整的证据链，证明员工的违规行为确实存在。
- 举例：若公司指控员工旷工，但仅提供考勤记录而未提供员工请假或未到岗的其他证据，则证据不充分，不能仅凭此辞退员工。
三、员工手册内容的合法性
不违反法律法规：
- 员工手册中的规定不得与国家法律法规的强制性规定相冲突。例如，关于劳动时间、休息休假、劳动报酬、劳动安全卫生等方面的规定，必须符合相关法律法规的要求。
- 举例：若员工手册中规定“员工加班无加班费”，则该规定违反了《劳动法》中关于加班费的规定，不能作为辞退员工的依据。
合理性考量：
- 员工手册中的规定还应具有合理性，不得过于苛刻或不合理地限制员工的权益。如果某些规定被法院认定为不合理，那么这些规定将不具有法律效力，公司也不能依据这些规定进行辞退。
- 举例：若员工手册中规定“员工不得在工作期间喝水”，则该规定显然不合理，不能作为辞退员工的依据。
四、公司执行员工手册的一致性与公正性
一致性执行：
- 公司在执行员工手册时，应做到一视同仁，对所有员工采取相同的标准和处理方式。避免出现选择性执行或针对特定员工进行不公平处理的情况。
- 举例：若公司对某员工违反员工手册的行为进行辞退处理，而对另一员工相同行为仅进行警告处理，则公司行为不一致，可能构成违法辞退。
申辩机会的保障：
- 在作出辞退决定前，公司应给予员工充分的陈述和申辩机会，听取员工的解释和意见。这是法律赋予劳动者的基本权利，也是保证辞退决定公正性的重要环节。
- 举例：若公司未给予员工申辩机会就直接辞退员工，则公司行为可能构成违法辞退。
五、合法辞退与违法辞退的后果
合法辞退：
- 如果员工确实违反了员工手册中的规定，且公司能够提供充分的证据支持其辞退决定，同时员工手册本身也符合法律法规的要求，那么公司的辞退行为是合法的，无需支付经济补偿。
违法辞退：
- 如果公司无故辞退员工，或者辞退理由不属实、员工手册存在违法或不合理之处，或者公司未能提供充分的证据支持其辞退决定，那么公司的辞退行为构成违法。在这种情况下，员工可以要求公司继续履行合同或者支付赔偿金。赔偿金的标准通常是经济补偿标准的二倍，具体计算方式按照员工在本单位工作的年限来确定。
- 计算公式：赔偿金 = 经济补偿标准 × 2 = （员工在本单位工作的年限 × 员工月工资）× 2（其中，六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿）。
建议：公司在制定和执行员工手册时务必谨慎，确保其内容合法合规，并严格按照手册中的规定处理员工关系。员工在遭遇不公正对待时，也可以直接向我咨询，了解自己的权益和维权途径。