公司不能仅以违反员工手册为由随意扣员工工资，是否扣工资需视具体情况及员工手册的合法性、合理性而定。以下从多个角度进行分析：

一、员工手册的合法性基础

1. 制定程序合法：根据《劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。若员工手册的制定未遵循此程序，其内容可能被视为无效，公司不能据此扣工资。

2. 内容合法合理：员工手册的内容必须符合国家法律法规的规定，且不得违背公序良俗。例如，若员工手册中规定的扣工资条款过于严苛，如“迟到一次扣全天工资”等，这样的条款可能因显失公平而被认定为无效。

二、扣工资的合法情形

1. 法定扣工资情形：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这是法律明确规定的扣工资情形。

2. 约定扣工资情形：若员工手册中明确规定了某些违规行为（如旷工、严重失职等）将导致扣工资，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，同时员工在入职时已签署确认知晓并同意遵守该员工手册，那么公司在此情况下扣工资可能是合法的。但同样需要注意，扣工资的幅度和方式必须合理，不能侵犯员工的合法权益。

三、公司违法扣工资的法律后果

若公司违反法律法规或员工手册的约定，随意扣员工工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司补发工资并可能获得相应的赔偿。根据《劳动合同法》第八十五条，用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；（三）安排加班不支付加班费的；（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。

建议：

• 员工：在入职时务必仔细阅读并签署确认员工手册，了解自己的权利和义务。若公司存在违法扣工资的行为，应及时收集证据并向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 公司：在制定员工手册时，应确保内容合法合理，并遵循法定程序。在扣员工工资时，应确保有明确的法律依据和合理的扣工资幅度，避免侵犯员工的合法权益。

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