结论：违反员工手册是否可以扣款，不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 员工手册的合法性

   • 合法性基础：员工手册作为公司内部规章制度，其制定和实施必须符合国家法律法规的规定，且需经过民主程序制定（如职工代表大会讨论、与工会或职工代表协商确定等），并向劳动者公示或告知。若员工手册内容违法或制定程序不合法，则其中的扣款条款可能无效。
   • 法律依据：根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。

2. 扣款条款的合理性

   • 合理性判断：即使员工手册合法，其中的扣款条款也需具备合理性。扣款应与劳动者的过错程度、损失大小相适应，且不得违反法律法规的强制性规定（如最低工资标准、工资支付规定等）。若扣款条款显失公平或违反法律法规，则可能被认定为无效。
   • 案例参考：在实践中，因扣款条款不合理而引发的劳动争议屡见不鲜。例如，某公司因员工迟到一次即扣除当月全部奖金，该条款因显失公平而被法院认定为无效。

3. 扣款的具体情形

   • 法定扣款情形：根据法律法规的规定，用人单位在特定情形下可以扣款，如劳动者因本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
   • 约定扣款情形：除法定扣款情形外，用人单位与劳动者还可以在劳动合同中约定其他扣款情形，但需确保约定合法、合理且明确告知劳动者。若约定不明或违法，则可能引发劳动争议。

4. 法律建议

   • 对用人单位：建议用人单位在制定员工手册时，确保内容合法、合理且经过民主程序制定。同时，在实施扣款措施时，应严格遵守法律法规的规定，确保扣款合法、合理且明确告知劳动者。
   • 对劳动者：若劳动者认为员工手册中的扣款条款违法或不合理，可以向用人单位提出异议或向劳动监察部门投诉。在劳动争议发生时，劳动者可以依法申请劳动仲裁或提起诉讼以维护自身合法权益。

总结：违反员工手册是否可以扣款，需根据员工手册的合法性、扣款条款的合理性以及具体扣款情形来判断。用人单位在实施扣款措施时，应严格遵守法律法规的规定，确保扣款合法、合理且明确告知劳动者。劳动者在面对违法或不合理扣款时，应积极维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。