员工手册本身不能直接规定不打卡就扣工资，是否扣工资需依据具体法律法规和劳动合同的约定来判断。以下从不同角度为你详细分析：

1. 法律法规层面：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位不得随意克扣。除非劳动者因本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
   • 对于打卡问题，它更多关联的是考勤管理，而非直接决定工资扣除。如果员工因未打卡但实际提供了劳动，用人单位不能仅凭未打卡就扣除工资。

2. 劳动合同和员工手册层面：

   • 劳动合同是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。如果劳动合同中明确规定了打卡与工资扣除的关联，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位在员工未打卡且未提供合理理由的情况下，可能有权按照合同约定扣除一定工资。但这种情况下的扣除也需合理，不能过度侵犯劳动者的权益。
   • 员工手册是用人单位制定的内部管理规范，它通常包含考勤、休假、奖惩等方面的规定。然而，员工手册本身不能凌驾于法律法规之上，也不能随意设定与法律法规相悖的工资扣除条款。如果员工手册中的规定与法律法规或劳动合同相冲突，那么这些规定可能是无效的。

3. 实际操作建议：

   • 对于用人单位来说，制定员工手册时应确保其内容合法合规，不侵犯劳动者的合法权益。同时，在考勤管理上应采取合理、公正的方式，避免仅凭打卡情况就随意扣除工资。
   • 对于劳动者来说，如果发现用人单位仅凭未打卡就扣除工资，且该扣除行为没有合法依据或违反了劳动合同的约定，可以向用人单位提出异议，并要求其提供合理的解释和证据。如果用人单位拒绝改正或无法提供合理依据，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

总结来说，员工手册不能直接规定不打卡就扣工资，是否扣工资需依据法律法规和劳动合同的约定来判断。如果用人单位仅凭未打卡就扣除工资且没有合法依据，劳动者有权维护自己的合法权益。如果你在这方面有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，可以直接向我咨询。