员工手册可以规定考勤扣款，但需满足以下条件：

1. 合法性要求
   根据《劳动合同法》第四条及《工资支付暂行规定》第十六条，企业可通过民主程序（如职工代表大会讨论、与工会协商）制定考勤扣款规则，且内容不得违反法律强制性规定。例如：

   • 扣款后工资不得低于当地最低工资标准；
     
   • 单月扣款比例通常不超过当月工资的20%（具体以地方规定为准，如《江苏省工资支付条例》明确此比例）。
     

2. 合理性边界
   扣款规则需与员工实际过错程度匹配，避免滥用处罚权。例如：

   • 迟到/早退：可按分钟或次数扣款，但需明确计算标准（如迟到30分钟内扣50元）；
     
   • 旷工：可按日工资比例扣款，但需与旷工时长对应（如旷工1天扣3倍日工资可能被认定为不合理）。
     

3. 程序合规性

   • 公示义务：员工手册需经员工签字确认或通过培训、公告等方式送达员工，否则规则对员工不生效；
     
   • 异议处理：若员工对扣款有异议，企业需提供考勤记录等证据，并允许员工申诉。
     

风险提示：
若企业未满足上述条件（如未民主程序制定、扣款超标、未公示），员工可能通过劳动仲裁主张：

1. 返还违法扣款；
   
2. 确认规章制度无效；
   
3. 在极端情况下主张被迫解除劳动合同并要求经济补偿。
   

建议：
企业应定期审查员工手册中的考勤条款，确保符合最新地方性法规（如广东、上海等地对扣款有更细致规定），并保留民主程序制定、公示的书面证据。如有具体条款设计需求，可进一步向我咨询。