结论：违反员工手册是否可以计入档案，需分情况讨论，具体如下：

1. “档案”的性质与范围
   首先需明确“档案”的具体指向。若指企业内部的员工人事档案（如员工违纪记录、考核表等），企业通常有权根据规章制度将员工违反手册的行为记录在案，作为内部管理依据；但若指国家机关或事业单位的正式人事档案（如干部档案、职工档案），则需严格遵循法律法规，企业无权擅自将违纪信息直接录入此类档案。

2. 企业内部的记录权限
   根据《劳动合同法》及相关规定，企业可制定员工手册并明确违纪处理规则。若员工违反手册且企业已依法履行民主程序（如职工代表大会讨论、公示等），企业有权将违纪行为记录在内部档案中，作为后续考核、调岗、解除劳动合同的依据。但需注意：

   • 记录内容需真实、客观，避免夸大或虚构；
     
   • 记录程序需合法，如需员工签字确认或通过工会监督；
     
   • 记录范围应限于与工作相关的行为，不得侵犯员工隐私。

3. 正式人事档案的录入限制
   若企业试图将违纪信息录入国家机关或事业单位的正式人事档案，需满足以下条件：

   • 员工违纪行为需达到严重违反规章制度的程度（如盗窃、旷工达到一定天数等）；
     
   • 企业需依法解除劳动合同，并将解除决定报送相关部门备案；
     
   • 即使满足上述条件，企业仍无权直接修改正式档案，需通过劳动行政部门或档案管理机构操作。
     实践中，企业擅自将违纪信息录入正式档案可能涉嫌违法，员工可依法维权。

4. 实务建议

   • 对企业：制定员工手册时需明确违纪行为的定义、处理程序及记录方式，确保合法合规；记录违纪行为时需保留证据（如监控录像、书面确认等），避免纠纷。
     
   • 对员工：若发现企业违规记录或录入档案，可先与企业协商要求更正；协商无果的，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张侵权责任。

总结：违反员工手册的行为可被企业记录在内部档案中，但录入正式人事档案需严格依法进行。如有具体争议，建议进一步提供细节，以便更精准分析。