针对您提出的“打卡有早退迟到，工厂有罚款是否合法”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，根据我国《行政处罚法》的相关规定，一般用人单位是不具有罚款权的。罚款是《行政处罚法》赋予国家执法机关的权力，用于对违法行为进行处罚。因此，除非是被具有行政处罚权的行政机关委托的特殊组织，否则普通用人单位不能对其劳动者进行行政处罚。

进一步来说，根据《劳动合同法》的规定，用人单位在制度修改或者决定有关劳动报酬、劳动纪律等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或重大事项时，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则，并且应当经职代会或全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或职工代表平等协商确定。如果用人单位制定的规章制度未履行上述程序，那么对员工的违纪罚款制度也是无效的。

因此，对于劳动者违反规章制度和劳动合同的行为，用人单位并不能采取罚款的处罚方式。这种做法不仅可能面临相关条款被认定无效的风险，还可能需要额外支付经济补偿金。

从管理的合法性、有效性、实用性角度来看，用人单位应当摒弃“罚款”这类简单粗暴的方式方法，而选用风险更小、更有利于促进劳资关系和谐的管理模式。例如，可以通过设立奖励机制、加强员工培训、优化工作流程等方式来激励员工遵守规章制度，提高工作效率。

综上所述，工厂对打卡早退迟到的员工进行罚款是不合法的。用人单位应当遵循相关法律法规，采用合法、合理的管理方式来维护劳资关系的和谐稳定。希望这个解答能够对您有所帮助。