结论：员工打卡后每天晚几分钟到岗被罚款是否合法，需分情况讨论，主要取决于公司规章制度的合法性及执行程序的合规性。以下从不同角度展开分析：

1. 公司规章制度是否合法有效

根据《劳动合同法》第四条，用人单位制定涉及劳动者切身利益的规章制度（如考勤、罚款）时，需满足以下条件：

• 民主程序：规章制度需经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定；
• 公示程序：规章制度需通过培训、签字、公告等方式明确告知劳动者；
• 内容合法：罚款金额不得超过当地最低工资标准的20%，且不得以罚款替代工资支付。

若公司规章制度未履行上述程序，或罚款金额超出法定标准，则罚款行为违法。例如，若公司直接规定“迟到1分钟罚款100元”，可能因金额过高或程序瑕疵被认定为无效。

2. 罚款是否属于“克扣工资”

根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位仅在劳动者因本人原因造成经济损失时，可按劳动合同约定要求赔偿，且每月扣除部分不得超过工资的20%。若公司以“迟到”为由直接罚款，且未证明员工行为造成实际损失，可能被认定为“克扣工资”，劳动者可依据《劳动合同法》第三十八条主张被迫解除劳动合同并要求经济补偿。

3. 地方性法规的特殊规定

部分地区（如广东、江苏）明确禁止企业以罚款形式管理员工。例如：

• 《广东省劳动保障监察条例》第五十一条规定，用人单位对劳动者实施罚款或没收财物等行为的，由人社部门责令限期改正，逾期不改正的按受侵害人数每人二千元以上五千元以下罚款；
• 《江苏省劳动合同条例》第四十条也禁止企业以罚款形式替代管理。

若公司所在地有此类禁止性规定，则罚款行为必然违法。

4. 合法替代方案：绩效扣分或调岗

若公司希望规范考勤，可通过以下合法方式实现：

• 绩效管理：将考勤与绩效挂钩，迟到扣减绩效分但不直接罚款；
• 警告或调岗：对多次迟到者发出书面警告，或调整至对考勤要求较低的岗位；
• 扣除未提供劳动部分的工资：若员工迟到导致实际工作时间减少，可按比例扣减工资（需在劳动合同中明确约定）。

行动建议

1. 核查公司制度：要求公司提供经民主程序制定、公示的规章制度，重点审查罚款条款的合法性；
2. 保留证据：保存工资条、考勤记录、罚款通知等证据，以备维权使用；
3. 协商或投诉：若认为罚款违法，可先与公司协商；协商不成可向当地劳动监察大队投诉，或申请劳动仲裁主张返还罚款及经济补偿。

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合您所在地区的具体法规为您详细解答。