公司违法辞退员工后，在劳动争议期间仍应支付员工工资。以下是对此问题的详细分析：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动关系存续期间，用人单位有义务按照劳动合同约定向劳动者支付工资。
- 即便用人单位违法辞退了员工，但在劳动争议期间，即双方就劳动关系是否存续、如何解除等事项存在争议并正在通过法律途径解决时，该劳动关系并未正式终止。
工资支付义务：
- 在劳动争议期间，由于劳动关系尚未正式解除，用人单位仍应按照员工的实际出勤情况或劳动合同约定的标准支付工资。
- 若用人单位以员工已被辞退为由拒绝支付工资，则可能构成拖欠工资的行为，需承担相应的法律责任。
特殊情况处理：
- 若劳动争议期间员工未实际提供劳动（如因被阻止进入工作场所等），且非因员工本人原因所致，用人单位仍应支付员工该期间的基本工资或生活费。
- 若劳动争议最终裁定用人单位违法辞退成立，用人单位还需支付员工相应的经济补偿金及可能的赔偿金。
综上所述，公司违法辞退员工后，在劳动争议期间仍应支付员工工资。若用人单位拒绝支付，员工可依法向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁申请，以维护自己的合法权益。