企业违法辞退员工时，赔偿的计算基数通常可以按照应发工资来确定。以下是对这一问题的详细分析：
一、违法辞退的赔偿标准
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，企业违法辞退员工时，需要支付赔偿金。赔偿金的计算标准通常是按照员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。而这里的“月工资”，在违法辞退的情况下，一般指的是员工离职前十二个月的平均工资，且这个平均工资是应发工资，即扣除个人所得税、社会保险等费用之前的工资。
二、应发工资作为计算基数的合理性
全面反映员工收入：应发工资包括了员工的基本工资、奖金、津贴、补贴等所有收入，能够更全面地反映员工的实际收入水平。因此，以应发工资作为计算基数，能够更准确地计算员工因违法辞退所遭受的损失。
符合法律精神：法律设定违法辞退赔偿金的目的是为了弥补员工因企业违法行为所遭受的损失，并对其进行一定的惩罚。以应发工资作为计算基数，能够更好地实现这一目的，因为应发工资更能够体现员工的实际经济状况和损失程度。
三、实际操作中的注意事项
工资记录的保存：员工应妥善保存自己的工资记录，包括工资条、银行转账记录等，以便在需要时证明自己的应发工资水平。
赔偿金的计算：在计算赔偿金时，员工应注意将离职前十二个月的应发工资进行平均，以得出月平均工资。如果员工在企业工作的时间不足十二个月，则按照实际工作月数计算平均工资。
协商与诉讼：如果员工与企业就赔偿金问题产生争议，可以首先尝试通过协商解决。如果协商无果，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。
四、特殊情况的处理
在某些特殊情况下，如员工工资过高或过低，可能需要对赔偿金的计算基数进行调整。但这种情况通常需要依据具体的法律法规和司法解释进行判断和处理。
总结来说，企业违法辞退员工时，赔偿的计算基数通常可以按照应发工资来确定。员工应了解自己的权益和赔偿标准，并在需要时寻求法律帮助以维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。