辞退员工时，涉及经济补偿金等赔偿的计算，通常是按照应发工资来进行的，而非实发工资。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律依据与规定
《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条：经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”指的是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条：进一步解释了劳动合同法第四十七条中的“月工资”，明确规定应按照劳动者应得工资计算，这包括了计时工资、计件工资以及奖金、津贴和补贴等所有货币性收入。
二、应发工资与实发工资的区别
应发工资：是劳动者在正常提供劳动的情况下，用人单位应支付的全部劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等，是在任何税费和其他扣款之前的总额。它更全面地反映了劳动者在正常工作时间内的劳动价值。
实发工资：是劳动者实际收到的工资，即应发工资扣除个人所得税、社会保险费个人缴纳部分、住房公积金个人缴纳部分以及其他可能的扣款（如迟到罚款等）后的净额。
三、为何以应发工资为计算基数
体现劳动价值：应发工资包含了劳动者所有的劳动报酬，能够更全面地反映劳动者的劳动价值。
保障劳动者权益：以应发工资为计算基数，能够确保劳动者在获得经济补偿时，其权益得到充分保障，避免因扣除各项费用而导致补偿金额减少。
法律规定：如前所述，《中华人民共和国劳动合同法实施条例》明确规定了经济补偿的月工资应按照劳动者应得工资计算。
四、具体计算示例
假设员工小张每月基本工资5000元，加上奖金500元和各项补贴300元，那么他的应发工资为5800元。若当月扣除个人所得税100元、社保个人缴纳部分300元、住房公积金个人缴纳部分500元，其实发工资为4900元。在辞退计算经济补偿时，应以5800元（应发工资）为准，而非4900元（实发工资）。
五、特殊情况下的处理
如果劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的月平均工资低于当地最低工资标准，那么在计算经济补偿时，应当按照当地最低工资标准计算。
如果劳动者工作不满12个月，则按照实际工作的月数计算平均工资。
六、实际操作建议
明确约定：为避免后续纠纷，建议用人单位和劳动者在劳动合同中明确约定经济补偿金的计算方式。
及时足额支付：用人单位在辞退员工时，应确保工资的及时、足额发放，并依法支付经济补偿金（如适用），以维护劳动者的合法权益。
咨询与维权：如果单位未按时足额支付，员工有权向劳动监察大队投诉维权。同时，员工在遇到相关法律问题时，也可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。
综上所述，辞退员工时涉及的经济补偿金等赔偿的计算，应以应发工资为基数，以确保劳动者的合法权益得到充分保障。