劳动者与单位达成协议赔偿后，劳动者再次起诉，单位在一定条件下可以要求返还款项。

首先，我们需要明确的是，工伤赔偿协议一旦在双方自愿、平等、公正的基础上签订，且内容不违反法律法规的强制性规定，通常对双方具有法律约束力。若劳动者在协议履行完毕后再次起诉，要求更多的赔偿，而单位认为原协议合法有效，那么单位可以基于协议的约束力，要求法院驳回劳动者的诉讼请求。

然而，也存在一些特定情形，使得原赔偿协议可能无效或可撤销，从而允许劳动者再次起诉，并要求单位按照法律规定进行赔偿。这些情形包括但不限于：

1. 协议存在欺诈、胁迫或乘人之危：如果单位在签订协议时隐瞒了重要信息，或者利用劳动者的困境迫使其接受不公平的条款，那么劳动者有权请求法院撤销协议，并重新主张合理赔偿。在这种情况下，如果单位已经根据原协议支付了赔偿款，那么在协议被撤销后，单位可以要求劳动者返还款项（需扣除劳动者应得的合理赔偿部分）。

2. 协议内容显失公平：如果赔偿金额明显低于法定标准，对劳动者造成了重大损害，那么劳动者同样可以请求法院撤销协议。在协议被撤销后，单位也需要根据法律规定重新支付赔偿款，并可以要求劳动者返还根据原协议多支付的款项。

3. 协议违反法律法规：如果协议内容本身违反了法律的强制性规定，那么该协议自始无效。劳动者可以基于法律规定要求单位进行赔偿，而单位则不能依据无效的协议要求劳动者返还款项。

需要注意的是，如果单位认为劳动者再次起诉没有法律依据，或者要求返还款项的请求不合理，那么单位应当积极应诉，并向法院提供充分的证据来支持自己的主张。

综上所述，劳动者与单位达成协议赔偿后能否再次起诉以及单位能否要求返还款项，取决于原赔偿协议的有效性以及是否存在特定情形使得协议无效或可撤销。因此，在处理这类问题时，建议双方充分了解法律规定，并在必要时咨询专业律师以维护自己的合法权益。