公司不能因为车停的不正扣奖金。下面是对此问题的详细分析：

一. 公司扣奖金的合法性分析

1. 奖金的性质：奖金通常被视为对员工工作表现的奖励，其发放应基于员工的工作成绩、贡献或特定条件的达成。
2. 扣奖金的法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位有权根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平，但扣减员工奖金应基于合法、合理的理由，如员工违反公司规章制度、工作失误等。
3. 停车问题的性质：员工停车不正，通常属于员工个人行为，且与公司的工作业绩、生产效率等无直接关联。因此，公司不能仅凭此理由扣减员工奖金。

二. 公司管理权限的边界

1. 公司管理权限：公司当然有权对员工的行为进行管理和规范，包括员工的停车行为。但这种管理应基于合理的规章制度，且不得侵犯员工的合法权益。
2. 规章制度的合法性：如果公司制定了关于停车的规章制度，并明确规定了停车不正的处罚措施（如罚款、警告等），且该规章制度已经过合法程序制定并公示，那么公司可以依据规章制度对员工进行相应处罚。但需要注意的是，这种处罚通常不应涉及员工奖金的扣减，除非规章制度中有明确且合理的规定。

三. 建议与结论

1. 我的建议：公司应明确区分员工的工作行为与个人行为，对于员工的个人行为（如停车问题），应通过合理的规章制度进行引导和管理，而不是直接扣减员工奖金。如果公司确实需要规范员工的停车行为，可以制定相关规章制度，并明确违规的处罚措施（如罚款、警告、取消停车资格等），但应确保这些措施合法、合理且经过合法程序制定。
2. 结论：综上所述，公司不能因为员工停车不正而扣减其奖金。如果公司有相关规章制度，应确保规章制度的合法性、合理性以及执行程序的正当性。

如有进一步需要，您可以继续咨询我。