公司一般不可以直接扣留挂靠车辆来处理罚款问题，需分情况讨论：

1. 从合同约定角度：

   • 如果公司与挂靠车辆的车主在挂靠合同中明确约定，在车主拒绝处理相关罚款等违规事项时，公司有权采取扣车等措施，并且该约定不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，那么公司依据合同约定扣车可能具有一定的合法性基础。但即便如此，公司在行使扣车权利时也应当遵循合法、合理的程序，不能采取暴力、威胁等非法手段。
   • 若合同中没有此类明确约定，公司直接扣车则缺乏合同依据，可能构成对车主财产权的侵犯。车主有权要求公司返还车辆，并可能就因扣车造成的损失向公司主张赔偿。

2. 从法律规定角度：

   • 根据《民法典》等相关法律规定，财产所有权人对其财产享有占有、使用、收益和处分的权利。挂靠车辆的所有权通常归属于车主，公司并非车辆的所有权人，一般情况下无权擅自扣留车辆。
   • 如果公司认为车主拒绝处理罚款的行为损害了公司的利益，公司应当通过合法途径解决，例如与车主协商、向相关部门投诉、依据合同约定追究车主的违约责任或者通过诉讼等方式来维护自身权益，而不是直接采取扣车这种可能涉嫌违法的行为。

建议：公司遇到挂靠车辆拒绝处理罚款的情况时，首先应当与车主进行友好协商，明确各自的责任和义务，尝试通过协商解决问题。如果协商无果，可以依据挂靠合同的约定或者相关法律法规，通过合法途径来追究车主的责任，维护公司的合法权益。如果公司已经扣车，建议立即与车主沟通返还车辆，并通过合法途径解决罚款处理问题，以避免进一步的法律纠纷。

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