挂靠公司无权直接申请交警部门扣车。针对这一问题，我将从以下几个方面进行分析和说明：
一. 挂靠公司无权直接扣车
挂靠公司的一般权利：车辆挂靠公司通常只是为挂靠者提供名义上的经营资格，并收取一定的管理费用。它们并不直接拥有或控制挂靠车辆的实际所有权。
扣车的法定条件：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，债务人不履行到期债务时，债权人可以留置已经合法占有的债务人的动产。但这一权利的前提是债权人已经合法占有该动产，且双方没有约定不得留置。对于挂靠公司而言，除非它们已经合法占有了车辆，并且满足上述条件，否则无权扣车。
二. 挂靠公司如何合法维护权益
合同约定的重要性：挂靠公司应在与挂靠者签订的合同中明确双方的权利和义务，包括债务履行、违约责任等条款。这样，在挂靠者不履行到期债务时，挂靠公司可以依据合同约定追究其违约责任。
法律途径的选择：如果挂靠公司需要通过法律途径维护自己的权益，它们应该向法院提起诉讼，请求法院判决挂靠者履行债务或承担其他违约责任。在诉讼过程中，如果挂靠公司认为有必要保全财产（包括车辆），可以向法院申请财产保全措施，由法院依法对车辆进行扣押。
三. 挂靠公司申请交警部门扣车的流程（假设符合法定条件）
虽然挂靠公司无权直接申请交警部门扣车，但在某些特殊情况下（如挂靠车辆涉及交通事故、违法行为等），交警部门有权依据相关法律规定扣留车辆。如果挂靠公司认为有必要协助交警部门扣车，可以遵循以下流程（请注意，这仅是一个假设性流程，并不构成法律建议）：
收集证据：挂靠公司应收集相关证据，证明挂靠车辆涉及交通事故、违法行为等情形。
向交警部门报案：将收集到的证据提交给当地交警部门，并说明情况。
协助交警部门调查：在交警部门调查过程中，挂靠公司应积极配合提供必要的信息和协助。
等待交警部门处理：交警部门会根据相关法律规定和调查结果，决定是否扣留车辆以及后续的处理措施。
我的观点：挂靠公司应通过合法途径维护自己的权益，避免采取不当手段导致法律纠纷。在涉及车辆扣押等敏感问题时，更应谨慎行事，以免触犯法律。如有进一步需要，您可以继续咨询我。