当公司不认可工伤鉴定结果并打算去进行二次鉴定时，可以按照以下步骤来处理：
一、明确公司不认可的缘由
首先，与公司沟通，让其明确说明不认可工伤鉴定结果的缘由。了解公司的具体异议点有助于双方更好地解决问题，也可能揭示出初次鉴定中可能存在的疏漏或误解。
二、申请再次鉴定
时间限制：公司若对工伤鉴定结果有异议，应在收到鉴定结论之日起15日内向省级劳动能力鉴定委员会提出再次鉴定申请。这是法律规定的时限，逾期则视为放弃申请再次鉴定的权利。
提交材料：在申请再次鉴定时，公司需要提交相关材料，包括初次鉴定的结论、申请再次鉴定的理由、相关的医疗证明和工伤认定决定书等。
等待结果：省级劳动能力鉴定委员会将对公司提交的申请进行审查，并作出最终鉴定结论。这个结论具有权威性，双方都需要遵照执行。
三、法律途径维权
行政复议或行政诉讼：如果公司对再次鉴定的结果仍然不满意，可以在规定时间内选择申请行政复议或直接提起行政诉讼，要求对工伤认定决定进行审查。但需要注意的是，如果最终认定工伤成立，公司仍需承担相应的责任。
劳动仲裁：如果公司拒绝按照工伤待遇支付赔偿，员工可以通过劳动仲裁来维护自己的合法权益。在劳动仲裁过程中，员工需要提交工伤认定决定书、劳动能力鉴定结论等相关证据，以便仲裁机构能更好地了解情况并作出公正的裁决。
法律诉讼：如果对劳动仲裁的裁决不满意，员工还可以向法院提起诉讼。法律会依据合法有效的鉴定结果进行裁判，保障员工的合法权益。
四、注意事项
保留证据：在整个过程中，员工应妥善保留所有与工伤相关的证据，包括医疗记录、工伤认定决定书、劳动能力鉴定结论等。这些证据在后续的维权过程中将起到至关重要的作用。
关注时效：员工应密切关注各个法律程序的时效要求，确保在规定时间内提交申请或提起诉讼。否则，可能会因超过时效而丧失维权的机会。
综上所述，当公司不认可工伤鉴定结果并打算进行二次鉴定时，员工应明确公司的异议点、按照法律规定申请再次鉴定，并在必要时通过法律途径来维护自己的合法权益。