刑事案件二审发回重审后，会重新立案并分配新的案号。以下是对此结论的详细解释：

1. 诉讼程序的新开始：

   • 当刑事案件在二审阶段被发回重审时，意味着原审的程序已经终结，新的诉讼程序即将开始。因此，从程序意义上讲，这已经成为了一个新的案件，需要重新立案并分配新的案号。

2. 法律明确规定：

   • 根据我国民事诉讼法的相关规定，发回重审的案件，原审人民法院应当按照第一审程序另行组成合议庭进行审理。这表明，重审案件在程序上被视为一个新的一审案件，自然需要新的案号来区分。

3. 案号编排规则：

   • 案号的组成通常包括年度、受案法院、案件性质、审判程序的代字以及案件的顺序号。重审案件适用一审程序的，其审判程序的代字应为“初”，并按照一审案件的编号顺序进行编号。因此，发回重审的案件在重新立案时，会获得一个新的、按照一审案件编号规则编排的案号。

4. 避免混淆与错误：

   • 使用新的案号有助于避免与原审案件混淆，确保诉讼程序的清晰性和准确性。同时，也有助于法院对案件进行管理和统计，提高司法效率。

综上所述，刑事案件二审发回重审后，会重新立案并分配新的案号。这是符合我国民事诉讼法规定的，也是确保诉讼程序清晰、准确、高效进行的必要措施。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。