关于有排污许可证的单位将厂房出租后非法排污的责任主体认定问题，这是一个涉及环境保护法律责任归属的复杂问题。以下是我的详细分析：
结论前置
对于持证排污单位将厂房出租后发生的非法排污行为，责任主体的认定需根据具体情况来判断，主要考虑排污单位是否已取得合法排污手续以及实际排污行为由谁实施。
详细分析
排污单位已取得排污手续后将厂房出租：
- 在这种情况下，即使排污单位将厂房出租，其作为排污许可证的持有者，仍然承担着环境管理要求和法律责任义务。排污许可证具有“一企一证”“一生产场所一证”的排他属性，明确了排污单位在其生产运营期排污行为应遵守的环境管理要求和承担的法律责任。
- 因此，如果承租人在租赁期间实施了非法排污行为，但排污单位未能有效监管或阻止，排污单位仍可能因未能履行其环境管理责任而被视为责任主体，并受到相应的行政处罚。
排污单位未取得排污手续而将厂房出租：
- 在这种情况下，由于排污单位本身未取得合法的排污手续，其将厂房出租给承租人进行生产经营并发生非法排污行为时，实际经营的承租人应被视为责任主体。
- 承租人作为实际占有、使用生产设备并进行排污的行为人，应承担非法排污的法律责任。排污单位因未取得排污手续，其出租行为并不构成合法的排污行为转移，因此不承担非法排污的直接法律责任。
特殊情况的考虑：
- 如果排污单位不仅存在出租生产设备行为，还存在非法转让排污许可行为，那么根据《排污许可管理条例》的规定，出租人和承租人均应依法受到处罚。
- 另外，即使排污单位存在出租生产设备行为，但只要其自认由其实际经营或选择隐瞒出租协议，执法人员仍应对其进行全面深入调查，并根据实际情况确定责任主体。
法律建议
- 对于持证排污单位而言，在出租厂房前应确保承租人具备合法的排污能力或条件，并在租赁合同中明确双方的环境保护责任和义务。
- 在租赁期间，排污单位应加强对承租人的监管，确保其遵守环境保护法律法规和排污许可要求。
- 如果发生非法排污行为，排污单位应积极配合生态环境主管部门的调查处理，并根据实际情况承担相应的法律责任。
综上所述，对于持证排污单位将厂房出租后非法排污的责任主体认定问题，需根据具体情况来判断。如果排污单位已取得合法排污手续，其作为排污许可证的持有者应承担相应的环境管理责任和法律责任；如果排污单位未取得排污手续，实际经营的承租人应被视为责任主体。在任何情况下，排污单位和承租人都应遵守环境保护法律法规和排污许可要求，共同维护良好的生态环境。