不合法。用人单位在员工自离后只支付百分之六十的工资，这种做法通常是不合法的。下面我从几个角度来分析这个问题：

1. 工资支付原则：

   • 根据《劳动法》和《工资支付暂行规定》，用人单位应当按照劳动合同约定的标准支付劳动者的工资，不得随意克扣或拖欠。
   • 即便员工自离，用人单位也应当结清员工已工作期间的工资，而不能以自离为由只支付部分工资。

2. 自离的法律后果：

   • 员工自离确实可能给用人单位带来一定的损失或不便，但这并不是用人单位克扣工资的理由。
   • 用人单位可以依据公司规章制度或劳动合同对员工自离行为进行处罚，如扣除一定的违约金或赔偿金，但这需要在合法合规的前提下进行，并且不能违背劳动法的相关规定。

3. 法律建议：

   • 如果你遇到了这种情况，可以先尝试与用人单位协商解决，要求用人单位按照劳动合同约定的标准支付工资。
   • 如果协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。

综上所述，用人单位在员工自离后只支付百分之六十的工资是不合法的。你应当要求用人单位按照劳动合同约定的标准支付你应得的工资，并可以通过法律途径来维护自己的权益。如果你有其他关于劳动工伤或工资福利方面的问题，可以直接向我咨询。