关于“单位内退工资只发最低工资标准是否合法”的问题，需要从多个维度进行综合分析。
首先，我们要明确“内退”的概念。内退，即内部退养，是企业在特定情况下对职工采取的一种管理措施，并非法律意义上的退休。在此期间，企业会向内退职工发放生活费，而非正常的工资。
接下来，我们探讨内退工资（生活费）的发放标准：
法律法规依据：
- 根据《国有企业富余职工安置规定》，职工在距退休年龄不到五年的情况下，可以申请内退，并由企业发给生活费。但该规定并未明确生活费的具体标准。
- 地方性法规与规章可能根据本地实际情况对内退及生活费发放标准进行了更详细的规定。
企业内部规章制度与劳动合同：
- 企业会根据自身情况制定内部规章制度，明确内退的条件、程序以及生活费的计算方法和标准。
- 如果劳动合同或集体合同中对于内退及生活费发放有明确约定的，这些约定将作为处理相关争议的重要依据。
发放原则：
- 内退工资的发放标准应不低于当地最低工资标准，以确保劳动者的基本生活。
- 发放标准通常由企业和内退职工协商确定，并在内部规章制度或相关协议中明确。
现在，我们回到原问题“单位内退工资只发最低工资标准是否合法”：
- 如果企业所在地的地方性法规、规章或企业内部规章制度、劳动合同中明确规定了内退工资（生活费）的发放标准，并且该标准不低于当地最低工资标准，那么企业按照这一标准发放是合法的。
- 如果上述规定中并未明确具体标准，或者规定的标准低于当地最低工资标准，那么企业只发放最低工资标准可能并不完全合法。在这种情况下，企业应遵循不低于最低工资标准的原则，并与内退职工进行协商，确定一个合理的发放标准。
最后，如果企业与内退职工就工资问题发生争议，双方应首先进行友好协商；协商不成的，可以向企业劳动争议调解委员会或其他调解机构申请调解；调解仍无法解决的，可以向当地劳动争议仲裁委员会提起仲裁；对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
综上所述，单位内退工资只发最低工资标准是否合法，取决于具体的法律法规、地方性规章、企业内部规章制度以及劳动合同中的约定。在大多数情况下，企业应确保内退职工的基本生活权益，并按照不低于最低工资标准的原则进行发放。